Fungicydy są klasyfikowane na kilka sposobów w oparciu o ich kategorie, a także różne cechy i metody działania.
Kontaktowe fungicydy stosowane jako środki ochronne, pozostają na powierzchni roślin. Wiele kontaktów jest potencjalnie fitotoksycznych dla roślin i może uszkodzić roślinę w przypadku ich wchłonięcia. Fungicydy układowe, zwane również penetrantami i mobilnymi fungicydami, są wchłaniane przez rośliny. Większość preparatów systemowych przemieszcza się na bardzo krótkie odległości od miejsca zastosowania, na przykład w poprzek blaszki liściowej z jednej powierzchni na drugą. Niektóre fungicydy są słabo układowe i mogą przemieszczać się dalej od miejsca aplikacji niż lokalne układy, docierając do wszystkich części liścia, na których fungicyd jest nałożony. Niektóre fungicydy układowe poruszają się bardziej intensywnie, ponieważ są mobilne w tkance ksylemu. Po nałożeniu na strefę korzeni są one wchłaniane przez korzenie, a następnie przemieszczają się w górę przez roślinę ze strumieniem transpiracji. Rola fungicydów w ochronie roślin może być zapobiegawcza lub lecznicza.
Kontaktowe fungicydy to produkty nadające się do stosowania zapobiegawczego, czyli profilaktycznego, gdyż działają poprzez kontaktowe oddziaływanie na powierzchnię rośliny, na którą zostały nałożone.
Konieczne są wielokrotne aplikacje, aby chronić nowy wzrost rośliny i zastąpić materiał, który został zmyty przez deszcz lub nawadnianie lub zdegradowany przez czynniki środowiskowe, takie jak światło słoneczne. Czasami kontaktowe środki ochrony roślin są określane jako produkty resztkowe, ponieważ zdeponowany fungicyd pozostaje na powierzchni rośliny, czasami jako widoczna pozostałość, przez kilka dni. Stosuje się również fungicydy na rzepak jesienią, aby kompleksowo chronić rośliny przed chorobami. Ze względu na zdolność wnikania do roślin niektóre układy mają działanie zarówno zapobiegawcze, jak i lecznicze, czyli zwalczające lub odrzutowe, wpływając w ten sposób na patogen również po zakażeniu. Zwykle fungicydy kontaktowe działają w wielu miejscach i dlatego zwykle wpływają na wiele grzybów z różnych klas.
